È noto da tempo che il taglio cesareo comporta un rischio moderato di patologie quali rinite allergica, asma e allergie alimentari. La prima fase di formazione della flora batterica nell'intestino è molto importante affinché i bambini evitino tali malattie allergiche. Le basi di questa flora vengono poste durante l'incontro del bambino con la flora vaginale mentre attraversa il canale del parto della madre. Gli studi dimostrano che Bacteroides e Bifidobacterium, noti come batteri benefici, sono presenti in minor quantità nella flora intestinale dei bambini nati con taglio cesareo rispetto ai bambini nati per via vaginale.
Come i bambini nati per via vaginale, anche i bambini nati con taglio cesareo entrano in contatto con l'ambiente microbiologico vaginale della madre. Il processo di applicazione del tampone prelevato dalla vagina durante un taglio cesareo sulla bocca, sugli occhi, sul viso e sulla pelle del neonato è chiamato "inseminazione vaginale". Nel suo studio volto a sfruttare l'effetto protettivo della flora vaginale dei bambini nati con taglio cesareo, la microbiologa Maria Gloria Dominguez-Bello della New York University ha applicato campioni prelevati dalla vagina delle loro madri agli occhi, alla bocca e alla pelle dei bambini, e ha è stato osservato che ha avuto effetti positivi. Confrontando i bambini sottoposti a inseminazione vaginale durante un parto cesareo con quelli che non l'hanno fatto, si è riscontrato che la flora intestinale dei bambini sottoposti a inseminazione vaginale era simile a quella di quelli che avevano partorito normalmente. Si ritiene che questa situazione prevenga in modo significativo il rischio di sviluppare malattie allergiche, che aumenta con il taglio cesareo. Tuttavia, i risultati della ricerca sui benefici e sui danni dell’inseminazione vaginale sono ancora limitati. Agenti infettivi dannosi come lo streptococco del gruppo B, la clamidia, la gonorrea e l'herpes simplex possono essere presenti nella vagina della madre e l'infezione può essere trasmessa al bambino attraverso questo processo. Per questo motivo, alle madri che desiderano sottoporsi a questa procedura si consiglia di sottoporsi a una visita ginecologica prima del parto e a test di coltura vaginale per garantire che non siano presenti batteri o virus che potrebbero danneggiare il bambino. Inoltre, non esistono prove scientifiche sufficienti riguardo agli effetti a lungo termine di questa pratica e sono necessari ulteriori studi per raccomandare di routine l'inseminazione vaginale alle madri.
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